Gagasan untuk mendirikan sebuah Fakultas Kedokteran telah ada sejak lahirnya Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya pada tahun 1960.

Lahirnya gagasan untuk mendirikan fakultas kedokteran bukanlah hal yang mengherankan, karena di dalam kelompok perintis terdapat beberapa orang dokter sementara seorang diantara mereka adalah pendiri Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya, yaitu dr. A.H. Tjahjadi. Beberapa dokter spesialis lainnya adalah dr. Njo tiong Tjiat, dr. A.W.J. Soeradi, Sr.dr. Regis Rukmarata, CB.

Pada tahun 1964, dr. K.S. Gani, DPH, dr. J. Soegondho Roewidodarmo dan dr. A.H. Tjahjadi mulai bergerak untuk mewujudkan cita-cita mendirikan fakultas kedokteran di lingkungan pendidikan Katolik. Banyak kendala dan tantangan yang dihadapi. Mereka berusaha mencari tempat kuliah, dosen dan dana.

Akhirnya pada tanggal 27 Desember 1967 dikeluarkan Surat Keputusan Yayasan Atma Jaya tentang pendirian Fakultas Kedokteran Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya. Untuk kuliah dimulai bulan Maret 1968 di komplek Rumah Sakit St. Carolus dan praktikum digunakan laboratorium Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Penggunaan fasilitas praktikum di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia ini dimungkinkan berkat kerjasama dengan berbagai kepala bagian dari Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Pada tanggal 12 September 1969 mendapatkan status terdaftar dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Dalam tahun 1969 mulai dibangun sebuah gedung permanen yang cukup pantas di kampus Semanggi dengan bantuan DITH (Directoraat International Technishce Hulp) suatu lembaga Pemerintah Belanda.